В целом я согласен что лучше использовать менеджер пакетов, в данном конкретном случае это не всегда возможно, поэтому был написан это пост.

Насчет nginx — нельзя устанавливать одно и тоже ПО из пакета и исходников с одним и тем же PREFIX, благо с дефолтными опциями это и не возможно, ну а так, можно и «rm -rf /» выполнить, было бы желание.

В packet-oriented дистрибутивах так делать, вообще говоря, очень неправильно :(
По-хорошему надо ставить свежий пакет tzdata. Я когда-то его в testing нашёл, когда у меня аналогичная проблема случилась. Не уверен, что так точно правильно =) , но в любом случае лучше установить даже самую безобидную и ничего другого не затрагивающую вещь из пакета — тогда dpkg и все менеджеры пакетов, пользующиеся базой dpkg, будут иметь реальную информацию об установленных в системе пакетах. И, например, не сделают вам даунгрэйд софта, если вы ставили nginx 0.7.x, потом поверх него скомпилировали 1.0.x, а потом в обновлениях безопасности вышел 0.7.y — и вы не глядя его поставили =)

Здрасьте — написал-же по русски с NTPd. C Moscow сразу. Еще раз спасибо автору!

Может быть не на всех серверах выставлено Московское время или /etc/localtime это не ссылка на файл часового пояса, а его копия.

Потому что на самом деле надо Etс/GMT-4

Актуализировал, спасибо.